エソ科魚類は表徴形質に乏しく同定が難しい分類群のひとつである。本種はアカエソとよく似ている。本種は、背鰭軟条が10〜13本（普通13本）、側線鱗数が56〜64枚、前鼻孔の皮弁が細い形をしていることなどが特徴。対するアカエソは、それぞれ13〜14本（普通14本）、60〜66枚、幅広いヘラの形をしていることが特徴である。体色はミナミアカエソの方が白っぽい印象を受けやすく、青い縦線もはっきりしていることが多い傾向にあり、体色も同定形質の一つとして用いることができる場合もある。