口は丸い吸盤状で顎がない。原始的な魚類とされることもあるが、研究者によっては魚類の仲間とみなさない人も多くいる。ヤツメウナギ目はその名前の通り、成体の眼が片側の側面に8個並ぶように見えることから付けられているが、実際には他の魚類と同じように眼は片側に1個ずつしかなく残りは鰓孔となっている。胸鰭と腹鰭はなく、背鰭から尾鰭、臀鰭が繋がっている。また、ヤツメウナギ目の幼生はアンモシーテス幼生と呼ばれ、眼が皮下に埋没し、口の吸盤もない。本種は、尾鰭が淡色であることや筋節数が57〜65であること、上口歯板上の歯は2本で鋭いことで他種と区別されてきた。しかし、近年の研究で本種には形態が極めて酷似した，今のところ見分けがつかない2種が包含されることが遺伝的な研究より明らかになり（スナヤツメ北方種とスナヤツメ南方種と呼び分けされている）、そのうちの一方（スナヤツメ南方種）に関してはスナヤツメ北方種とカワヤツメ・シベリアヤツメと比較した場合よりも遺伝的に離れていることがわかっている。