側線は不完全。地域的な変異はあるが、3〜5枚程度が普通であり、ここでモツゴと区別できる。また、モツゴよりもずんぐりした印象を受ける体形も特徴。亜種関係にあるウシモツゴとは、本種が体側に黒い縦線があるのに対し、ウシモツゴでは不明瞭であることで区別できる。