カジカという種には大卵型と小卵型の2種が含まれており、さらに近縁で琵琶湖固有のウツセミカジカとの3種に分けられることが多かった。近年、カジカ小卵型とされていた個体群のうち、主に日本海側に分布するものについては、卵が幾分大きく、太平洋側の個体群と遺伝的に別種とみなされるほどの分化を遂げていることが判明した。このことから、この日本海側に分布するものはカジカ中卵型と呼ばれ別種とみなし区別されている。一方、太平洋側に分布するカジカ小卵型と琵琶湖固有のウツセミカジカには遺伝的な差が僅かにしかないことが判明した。このことから、カジカ小卵型はウツセミカジカの種内変異群として位置づけられるようになった。本種は、他の日本産の淡水域に生息するカジカ科魚類と比較し、前鰓蓋骨棘は1本であること、胸鰭軟条は分枝せず13〜17軟条であること、眼から前鰓蓋骨棘へ向かって2本の暗色帯があること、眼の後背面と第1背鰭下に暗色帯があること、腹鰭には顕著な斑紋がないことなどが特徴である。